Le docteur Vegapunk[3] est un scientifique de la Marine. Son travail inclut la découverte des secrets (comme le secret de la génétique) et l'usage possible du Granit Marin, les secrets des pouvoirs des Fruits du Démon et plein d'autres inventions. Il est originaire de l'île technologiquement avancée Karakuri.[4][5] Certains personnages ont parlé de lui, mais il n'a pas encore fait d'apparition en personne dans la série. Il a créé les Pacifista. Son garde du corps est Sentomaru. Il n'a pas encore fait d'apparition mais un Marine de la base G-5 a déclaré que c'était un "vieux schnock". Il se pourrait donc qu'il soit assez âgé. Dans sa jeunesse, Vegapunk était une personne qui se souciait beaucoup de son île natale et qui était prêt à les aider avec ses inventions. Il est considéré comme la fierté de l'île et les habitants espèrent encore son retour. Il respecte aussi la volonté de ses collègues, tout comme il a accepté la dernière volonté de Bartholomew Kuma, à savoir insérer dans son programme la tâche de protéger le Thousand Sunny pendant l'ellipse des deux ans. Contrairement à son ancien collègue scientifique César Clown, Vegapunk avait un sens beaucoup plus "moral" de ce qu'il allait faire dans la poursuite de ses réalisations. Il a refusé d'impliquer des enfants dans le processus de Gigantification malgré des échecs répétés ainsi que la création et le rejet de l'arme chimique, de peur de blesser des personnes innocentes.[7] Il semble avoir une affinité pour les dragons; en effet, il en a créé deux, un pour protéger l'entrée de Punk Hazard,[8][9] et un second qui devait servir pour l'expérience de César Clown. Il a également créé un Fruit du Démon artificiel de type Zoan Mythique qui permet à son utilisateur de se transformer en dragon oriental ; cependant ce fruit du démon a été considéré comme un échec. Vegapunk est considéré comme la personne la plus intelligente de ce monde selon Kuma. Les expertises scientifiques disent qu'il a au moins 500 ans d'avance sur ses contemporains. Il semblerait que même dans sa jeunesse c'était un génie, mais il manquait de matériels et d'argent pour développer ses inventions, bien qu'il n'ait pas abandonné ses idées et ses projets. Quand Franky arriva sur Karakuri, l'île natale du Docteur, il voulut rentrer dans son laboratoire pour prendre un bateau et rejoindre son équipage. Bien que prévenu par les gens qui l'ont aidé qu'il ne fallait pas appuyer sur le bouton d'autodestruction car cela détruirait le laboratoire, Franky appuya quand même dessus sans faire exprès. Ce qui détruira le laboratoire du Dr. Vegapunk. Il a ensuite été prouvé que Franky était capable de reconstruire le laboratoire et les technologies d'après les plans que Vegapunk a laissé. Cependant, les créations et traces qu'il a laissé en partant sont considérées comme inestimables, au point que tout dommage infligé est considéré comme un crime. Il a découvert comment passer Calm Belt sans se faire attaquer par des Rois des Mers en couvrant le fond des coques avec du Granit Marin. Il a aussi découvert comment les pouvoirs des Fruits du Démon étaient transférés à leur utilisateur, et il est le scientifique qui a découvert la méthode pour faire "manger" un Fruit du Démon à des objets inanimés, comme l'épée-éléphant du commandant Spandam du CP9 ou le fusil-chien de Mr. 4.