À travers les îles de Grand Line se trouvent de mystérieux blocs de pierre que l'on appelle Ponéglyphes (歴史の本文 (ポーネグリフ), Pōnegurifu). Taillés par le clan Kozuki du Pays de Wa, l'histoire du Siècle Manquant est inscrite sur ces blocs dans une langue ésotérique que seule Nico Robin et la Tribu des Trois Yeux sont capable de déchiffrer. Les Ponéglyphes sont d'énormes stèles cubiques. Sur leurs faces est gravé un texte dans une langue antique. Il existe un total de trois types de Ponéglyphes dispersés à travers le monde :
Les "Ponéglyphes Antiques" révèlent des pans de l'histoire antique ainsi que des messages écrits par des personnes appartenant aux temps anciens.
Les "Ponéglyphes d'Information" contiennent des instructions et/ou des indices sur les emplacements des Ponéglyphes Antiques.
Les "Road Ponéglyphe" (ロード歴史の本文（ポーネグリフ） Rōdo Pōnegurifu) détaillent un emplacement qui, combiné avec les informations des autres Road Ponéglyphes, permet de localiser Rough-Tell. Il n'y en a que quatre dans le monde.[2]
Les Ponéglyphes Antiques et d'Information sont de couleur bleue foncée, tandis que les Road Ponéglyphes sont rouges. Selon Tamago, il y a une trentaine de Ponéglyphes dans le monde[3]. Les blocs sont réputés pour résister aux ravages du temps ainsi qu'à tout autre dommage (explosion, etc...). Chaque Ponéglyphe Antique raconte un morceau de l'histoire du siècle oublié. Ces histoires comprennent des mentions sur les trois Armes Antiques : Pluton, Poséidon et Uranus. Le Gouvernement Mondial a formellement interdit l'étude de ces stèles et a effacé toute information concernant le siècle oublié. La raison de cet agissement est que cela pourrait conduire à ressusciter les Armes Antiques, conçues par la nation qui a construit les Ponéglyphes et que l'emplacement de ces armes est écrit sur certains Ponéglyphes. Il s'agirait en fait d'un prétexte fallacieux: les Ponéglyphes contiennent effectivement des informations sur les Armes Antiques, mais également sur une guerre qui se serait déroulée il y a 800 ans, et dont une certaine organisation, qui se fera appeler plus tard le "Gouvernement Mondial", aurait décimé la population du royaume de leurs créateurs au cours de cette guerre. Les Road Ponéglyphes sont recherchés par plusieurs organisations, intéressées majoritairement par le trésor qui se trouverait sur Rough-Tell : deux des Empereurs, Charlotte Linlin et Kaido, ont chacun en leur possession un Road Ponéglyphe. Les Ponéglyphes sont des stèles historiques dispersées dans le monde. La Famille Kouzuki a créé les Ponéglyphes sur commande d'une ancienne nation qui n'existe plus aujourd'hui. Elles sont rédigées dans une langue archaïque, que seule Nico Robin et les membres de la Tribu des Trois Yeux sont capable de déchiffrer. Cette nation aurait commandité leur fabrication dans le but de permettre aux générations suivantes de se souvenir de ce qui s'est passé. Mais leur étude a été interdite par le Gouvernement Mondial. Le peuple d'Ohara en a d'ailleurs fait les frais, puisque l'île a été rasée par un Buster Call pour avoir bravé cette interdiction, vingt ans auparavant. La seule survivante de ce génocide est Nico Robin. Clover, un ancien archéologue d'Ohara, pensait d'ailleurs que les Ponéglyphes renferment la vérité sur le siècle perdu et l'avènement du Gouvernement Mondial.