En 1984, Soulages reçoit une commande publique pour la réalisation de deux tapisseries destinées à orner une salle du nouveau bâtiment du ministère des Finances. Attelé au projet dès 1985 au sein de la manufacture de la Savonnerie, il livre deux cartons peints au brou de noix puis, l'année suivante, met au point avec les teinturiers les différents tons qu'il désire voir rendus. Les tapisseries Savonnerie I, 4,30 × 10,75 m, 1985 et Savonnerie II, 4,30 × 10,75 m, 1985 sont terminées et livrées en 1991.
En 1986, il se voit confier par le ministère de la Culture, mené alors par Jack Lang, une commande exceptionnelle. Sept années de travail, en collaboration avec l'atelier du maître-verrier Jean-Dominique Fleury à Toulouse, lui sont nécessaires pour réaliser les 104 vitraux pour les 95 fenêtres et neuf meurtrières de l'abbatiale Sainte-Foy de Conques (en remplacement de ceux posés en 1952). De nombreuses recherches sur la matière ont lieu et aboutissent à la création d'un verre unique, blanc et translucide, composé de grains de verre aggloméré et de verre cristallisé, diffusant ainsi la lumière à l’intérieur de l'édifice, tout en occultant ce qui se passe à l’extérieur. Les nouveaux vitraux sont inaugurés le 26 juillet 1994 en présence du ministre de la Culture, Jacques Toubon.
En 2004, il abandonne l'usage de la peinture à l'huile pour celui exclusif de l'acrylique qui, riche de nouvelles possibilités quant à la réflexion de la lumière (effets de matière beaucoup plus importants et possibilité de contrastes mat/brillant), permet de modeler l'épaisseur, sèche assez rapidement sans craqueler même lorsque la couche est profonde. À partir de cette année-là, Soulages inaugure ce que Pierre Encrevé nomme la « seconde période de l'outrenoir ».
En 2019, le Louvre rend un hommage au peintre pour son œuvre. C'est le troisième peintre à qui un tel honneur est rendu de son vivant, après Chagall (en 1977) et Picasso (en 1971).