Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
À cause d'une sombre machination, Lincoln Burrows, un petit truand, est accusé à tort d'avoir tué le frère de la vice-présidente des États-Unis. Condamné à mort, il est incarcéré dans le pénitencier d'État de Fox River, dans l'attente de son exécution. Son frère, Michael Scofield est convaincu de son innocence et va l'aider à s'évader avant la date fatidique.
Michael Scofield conçoit un plan ingénieux profitant d’être l'auteur des plans initiaux du pénitencier pour sortir de prison, et se fait tatouer les plans de celle-ci sur le torse, le dos et les bras, ainsi que diverses informations utiles à l'évasion et à la cavale, puis commet un braquage afin d'y être incarcéré à son tour. Une fois emprisonné à Fox River, Michael met en marche son plan afin de rendre la liberté à son frère.